Instytut Judaistyki (IJ UJ) – jednostka organizacyjna Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Jeden z 6 instytutów tworzących Wydział Historyczny tego Uniwersytetu.
Instytut prowadzi działalność dydaktyczną i badawczą związaną z historią, kulturą, religią i językami Żydów, ze szczególnym uwzględnieniem diaspory aszkenazyjskiej w Polsce i polsko-żydowskiego dziedzictwa. Prowadzi studia I stopnia (licencjackie) i II stopnia (magisterskie) na kierunku judaistyka, na których studenci uczą się języka hebrajskiego i języka jidysz, zdobywają wiedzę z zakresu historii i kultury Żydów oraz przygotowują prace dyplomowe w oparciu o źródła archiwalne.
Jednostka została powołana do życia 1 października 1986 uchwałą Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego jako Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce. Jego działalność zainaugurowała międzynarodowa konferencja Autonomia Żydów w Rzeczypospolitej szlacheckiej, która była pierwszym po II wojnie światowej tak licznym spotkaniem naukowców badających historię Żydów polskich, pochodzących z Francji, Izraela, Polski, Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii. Z dniem 1 listopada 2000 Zakład został przekształcony w Katedrę Judaistyki a 1 października 2012 w Instytut Judaistyki.
Do 2010 siedziba jednostki mieściła się w budynku przy ulicy Stefana Batorego 12. Obecnie siedzibą Instytutu jest Collegium Kazimierzowskie przy ulicy Józefa 19.